養源寺は日蓮聖人を開祖とする日蓮宗の寺院で総本山は山梨県身延にある「久遠寺（くおんじ）」です。

戦国時代に出雲の松平隆政（徳川家康の曾孫）の母である養源院殿妙荘日長大姉の発願により、もと荏原群浜竹村（現在の 大田区西糀谷三丁目附近）にあった本成寺を、松平家の所有である現在の地に移して養源寺と改称、池上本門寺第十八世の圓是院日耀上人を迎えて慶安元年（1648）に開創されました。以来本門寺歴代住職の隠居所となりましたが享保四年（1719）から六年（1721）の間、八代将軍徳川吉宗公が鷹狩の折には、そのお膳所に定められたと徳川実記（録画訳の公式日記）に伝えられております。

文化元年（1804）の火災により全焼。その後智海院日勝尼を初代として尼僧寺として復興されましたが、昭和二十年（1945）尼僧寺の制を廃して現在に至っており、ご本尊として一ツ橋家より奉安された一塔両尊（宝塔の両脇に釈迦如来と多宝如来像）が安置されております。また池上七福神の中、恵比寿尊天をお祀りして商売繁盛・家内安全をご祈念しております。
現在の新本堂や境内整備などは当山第十二世前田利勝院首の陣頭により約七年かけて平成十二年に円成しました。昔の面影を残しつつも四季折々に咲く花々や大小のお地蔵さまなど、工夫をこらして門をくぐった方がほっこり癒される空気が広がっています。
日蓮宗と徳川家は表面上とくに関わり合いが深いようには見えませんが、家康公の側室で紀州徳川頼宣公（八代将軍徳川吉宗公祖父）と水戸徳川頼房公（子に徳川光圀公）の母でもありました養珠院お万の方は日蓮宗の大信者で、後に紀州徳川家は池上本門寺の檀徒となり徳川家と日蓮宗の関係は深いものとなりました。